雖然都叫做“花茶”，但二者有本質的不同：傳統的茉莉花茶中沒有花，只有茶，在沖泡時散發出茉莉花香（一些新工藝茉莉花茶會保留一些花瓣，只是為了美觀，香氣還是來自于茶；還有一些低等級的茉莉花茶沒有揀出花瓣）；而菊花茶中沒有茶，只有干的菊花。之所以都叫“花茶”，是因為“茶”有兩種含義：在本來意義上，“茶”是茶樹鮮葉經過各種加工、干燥而得到的產品；
廣義上，人們把任何植物的花、葉、果等干燥之后泡水得到的飲料，也叫做茶。廣義的茶，通常叫做“代茶飲”“花草茶”“花果茶”等等。
茉莉花茶的“茶”，是本義上的茶；菊花茶的“茶”，是代茶飲意義上的茶。
那么，為什么人們把茉莉花用來做本義的茶、把菊花做花茶草，而不是相反呢？
這得從兩種花的特質說起。
茉莉花有濃郁芬芳的香氣。這種香氣來源于花瓣中的揮發性有機物，主要是酯類、醇類和烯萜類化合物。科學家們對茉莉花香進行過許多研究，識別出了超過一百種不同的揮發性分子。
這些分子混在一起，刺激我們的嗅覺細胞，就產生了茉莉花的特有香氣。不同的品種、不同的種植條件、不同的時期，茉莉花釋放出的香氣分子組成和量不盡相同，也就產生了不同的茉莉花香。
茉莉被稱為“氣質花”。在花蕾尚未完全形成的時候，幾乎不會釋放出香氣。隨著花蕾逐漸成熟，花瓣微微張開，就開始釋放香氣分子。隨著花瓣開放的進行，各種香氣分子的釋放量逐漸增加，然后盛極而衰，最后花瓣枯萎，香氣殆盡。整個過程，只持續十幾個小時。
也就是說，茉莉花一旦開放，就會釋放出這些香氣分子——它們是揮發性的，無法保留在花中。所以，如果把茉莉花進行干燥做成“花草茶”，幾乎不會留下這些香氣分子。再用來泡水，也就不會有茉莉花的芳香。
要把茉莉花香留下，只能任由它們釋放，在飄散之前收集起來。一百多年前，智慧的前人們發明了一種“窨制”工藝，把茉莉花香留在茶葉中，就得到了茉莉花茶。
這是因為，茶葉的葉片內部有大量中空的管道和孔隙，實際的表面積非常大。而且茶葉很干燥，茶葉表面的分子對于茉莉花釋放出來的那些香氣分子具有很強的吸附能力。
“窨制”工藝能夠實現的另一個原因，是茉莉的開放“吐香”并不需要在茉莉樹上進行。等到花蕾成熟、含苞待放，把它們采摘下來跟茶葉混在一起，茉莉花蕾內部的生命活動繼續進行，花瓣張開，香氣分子就釋放出來。
花瓣周圍都是茶葉，這些香氣分子也就被吸收留下。等到花瓣凋萎，茉莉花也就完成了使命。高級的茉莉花茶會剔除花瓣，所以“茉莉花茶只有茶沒有花”。為了增加吸附量，往往還要多次重復這個過程
茶葉對這些香氣分子的吸附能力比較強，在通常的條件，尤其是低溫密封保存，這些香氣分子會平靜地呆在茶中。等到沖泡的時候，溫度升高，它們就會掙脫束縛，游離出來，我們就聞到了茉莉花的香氣。
茉莉花茶的香氣有多濃，取決于兩方面的因素：一是窨制時用了多少花、窨制了多少次，用的花多越多、窨制的次數越多，茶葉吸收的香氣分子也就越多；
二是所用茶葉（稱為“茶坯”）的品質，茶葉原料越細嫩、茶坯越新鮮、茶條越舒展，其表面積就越大，吸附能力就越強，能夠吸附的香氣分子也就越多。
而菊花茶則是另一種狀況。菊花開放時也有香氣釋放，但菊花香遠不像茉莉花香那樣具有吸引力。它的特質，在于其中的黃酮類物質和綠原酸。有研究做過檢測，菊花用熱水浸泡，能有一半左右的固體物質溶出到水中。
其中有大量的黃酮類物質和綠原酸，這也就是菊花茶呈現淺黃色的原因。黃酮類物質具有抗氧化性而被認為有益健康，而綠原酸更是因為具有抗菌病毒的活性而被當作是菊花的“功效成分”。
黃酮和綠原酸都不是揮發性的，把菊花干燥之后能保留下來。而它們都能夠溶到熱水中，所以可以做成“花草茶”。反之，如果把它們像茉莉花那樣用于“窨制”，黃酮和綠原酸也不會跑到茶葉中，而它們也不會釋放多少香氣物質去被吸附。
